S7-1200CPU的指令分為以下幾部分：基本指令、擴展指令、工藝指令、通信指令。基本指令涵蓋位邏輯運算，數學運算，比較，塊移動等，擴展指令涵蓋時間指令、字符串指令、診斷指令、配方與數據記錄指令等。

S7-1200CPU支持的編程語言包含梯形圖（LAD）、功能塊圖（FBD）以及結構化控制語言（SCL），而LAD和FBD表現形式非常類似。

位邏輯運算
使用位邏輯運算指令，可以實現Zui基本的位邏輯的操作，包括常開、常閉、置位、復位，沿指令等。

計數器操作
S7-1200 CPU的計數器為IEC計數器，用戶程序中可以使用的計數器數量僅受CPU的存儲器容量限制。

S7-1200 CPU的計數器包含3種計數器：加計數器、減計數器、加減計數器，對于每種計數器，計數值可以是任何整數數據類型，并且需要使用每種整數對應的數據類型的DB結構或背景數據塊來存儲計數器數據。

定時器操作
S7-1200 CPU的定時器為IEC定時器，用戶程序中可以使用的定時器數量僅僅受CPU的存儲器容量限制。

使用定時器需要使用定時器相關的背景數據塊或者數據類型為IEC_TIMER的DB塊變量。S7-1200 CPU包含4種定時器：生成脈沖定時器、接通延時定時器、關斷延時定時器以及時間累加器，此外還有復位和加載定時器持續時間的指令。

比較操作
比較操作指令主要用于數值的比較以及數據類型的比較。

數學函數
數學函數功能，用于實現基本的加減乘除、指數、三角函數等功能。

移動操作
移動操作指令主要用于各種數據的移動、相同數據的不同排列的轉換，以及實現S7-1200 CPU的間接尋址功能部分的移動操作。

程序控制指令
程序控制指令包含程序跳轉、程序退出、SCL的主要控制語句、錯誤處理等指令。

字邏輯運算
字邏輯運算主要用于實現位序列的與、或、異或等功能。

移位和循環
移位和循環指令主要用于實現位序列的左右移動或者循環移動等功能。